Mark of the Ninja składa się z platformówki 2D z ukrycia.Postać musi przekraść się przez szereg środowisk, jednocześnie pozostając poza zasięgiem wzroku strażników i wykonując ciche zabójstwa.Poziomy są podzielone na obszary światła i ciemności;postać gracza jest niewidoczna, gdy jest w tym drugim.Dźwięki takie jak bieganie mogą również ujawniać lokalizację postaci gracza i są reprezentowane wizualnie przez szybko powiększający się okrąg.Mark of the Ninja, niezwykły jak na platformówkę, wykorzystuje linię mechaniki wzroku, co oznacza, że ​​wrogowie, którzy byliby niewidoczni dla postaci, są również niewidoczni dla gracza, chociaż ich dźwięki są reprezentowane na ekranie w taki sam sposób, jak postaci gracza... Zbliżając się do niewykrytych wrogów, postać gracza może wykonać zabójstwo jednym trafieniem.Aby to ułatwić, gracz może gasić źródła światła, chować się za przedmiotami i przechodzić przez wąskie kraty i szyby niedostępne dla wrogów.Jeśli zostaną wykryte, muszą unikać wrogów i pozostać poza zasięgiem wzroku przez określony czas, po czym wrogowie powrócą na swoje pierwotne pozycje, a egzekucje jednym ciosem będą znów możliwe.Wrogowie reagują na swoje otoczenie i na siebie nawzajem;uruchomią alarm, jeśli zauważą postać gracza lub znajdą ciało, które zaalarmuje wszystkich wrogów w okolicy.Jeśli usłyszą dźwięk lub zobacz postać gracza, stają się podejrzliwi, wyświetlając nad głową znak zapytania i aktywnie szukając postaci gracza.Fabuła: historia gry rozpoczyna się od ataku sił zbrojnych na bazę ninja.Nienazwana główna postać, zemdlała po otrzymaniu tatuażu, zostaje obudzona przez kobietę ninja o imieniu Ora.Zbierając swój ekwipunek, ninja jest w stanie pokonać żołnierzy i uratować swojego mistrza, Azai, wraz z innymi towarzyszami.Azai opowiada mu o mocy swojego tatuażu i otaczającej go legendzie, wyjaśniając, w jaki sposób atrament pochodzi ze specjalnego kwiatu pustyni, który zapewnia specjalne umiejętności, ale za cenę ...