Prototyp 1: Gra rozgrywa się w Nowym Jorku, gdzie zjadliwa plaga zwana Blacklight rozprzestrzenia się na Manhattanie.Zainfekowani zostają zmutowani w ohydne potwory o różnej formie, z niekontrolowaną chęcią zabicia wszystkich niezainfekowanych form życia.W jego centrum znajduje się bohater Alex Mercer, niezwykle potężny zmiennokształtny, który nie pamięta swojej przeszłości.Równolegle do fabuły gry jest możliwość gry w piaskownicy, która daje graczowi swobodę poruszania się po Manhattanie.Prototype to gra akcji z otwartym światem, opracowana przez Radical Entertainment i wydana przez Activision.Gra została wydana w Ameryce Północnej 9 czerwca 2009 r. Oraz w południowo-zachodniej części Ameryki Północnej, a także w Oceanii 10 czerwca i została wydana w Europie 12 czerwca .... Fabuła Gra śledzi Alexa J. Mercera, który się budziw kostnicy w piwnicy Gentek, firmy zajmującej się inżynierią genetyczną z siedzibą na Manhattanie, wysyłającej dwójkę naukowców, którzy mieli właśnie przeprowadzić sekcję zwłok.Alex ucieka i jest świadkiem zastrzelenia naukowców przez agentów wojskowych.Alex zostaje wykryty i zaatakowany ... Prototyp 2: W grze występuje nowy bohater, James Heller, który wyrusza na misję zniszczenia wirusa Blacklight.Historia jest również zemstą, gdy Heller chce zabić Alexa Mercera, bohatera oryginalnego Prototypu, po tym jak jego rodzina zginęła w chwili wybuchu wirusa Blacklight.Działka 14 miesięcy po prototypie Manhattan został ponownie poddany kwarantannie, z powodu drugiej epidemii, o wiele gorszej od pierwszej, i zablokowany przed innymi dzielnicami Nowego Jorku, które zostały przemianowane na New York Zero (NYZ).Dzielnice Nowego Jorku zostały podzielone na trzy strefy: czerwoną, żółtą i zieloną.Każdy region oznacza wpływ wirusa Blacklight na Nowy Jork.Większość dzielnic New York Zero zostało zainfekowanych.James Heller będzie miał misje w każdej strefie, a trudność każdej misji będzie zależeć od tego, która to strefa