VMD jest w stanie pracować z bardzo dużymi strukturami aż do granic dostępnej pamięci.64-bitowe wersje VMD pozwalają na ładowanie do pamięci fizycznej trajektorii symulacji o dużych rozmiarach i długiej skali czasowej, a także na duże zestawy danych wolumetrycznych.64-milionowa symulacja kapsydu HIV opisana w numerze Nature z 30 maja 2013 r. Jest doskonałym przykładem tego, co można zrobić z VMD na odpowiednio wyposażonej stacji roboczej z grafiką.Model HIV-1 został przygotowany do symulacji przy użyciu narzędzi do budowania struktury, a funkcje skryptowe VMD zostały później wykorzystane do analizy trajektorii.Struktura wszystkich atomów kapsydu HIV-1 pokazana na okładce Nature została renderowana w VMD przy użyciu wewnętrznego silnika śledzenia promieni Tachyon, a następnie połączona z artystyczną reprezentacją koperty wirusowej i tekstu okładki Nature....