Cytoscape to platforma oprogramowania typu open source do wizualizacji złożonych sieci i integracji ich z dowolnym typem danych atrybutów.Dostępnych jest wiele wtyczek do różnego rodzaju domen problemowych, w tym bioinformatyki, analizy sieci społecznościowych i sieci semantycznej.Cytoscape obsługuje wiele przypadków użycia w biologii molekularnej i systemowej, genomice i proteomice: Załaduj zestawy danych interakcji molekularnych i genetycznych w wielu formatach Projektuj i integruj globalne zestawy danych i adnotacje funkcjonalne Ustanawiaj potężne odwzorowania wizualne dla tych danych Wykonuj zaawansowane analizy i modelowanie za pomocą wtyczek Cytoscape Wizualizuji analizuj zbiory danych o szlakach ludzkich, takie jak Reactome lub KEGG.